顾名思义，就是将分子生物学技术应用于育种中。目前主要包括分子标记辅助选择（MAS，也称为狭义的“分子育种”）、基因编辑和转基因。

问题来了，什么是分子标记？

它有点像是基因组这条“高速公路”上的“路标”，首先它能定位，可以告诉你当前位置；其次它可以告诉你当前的基因型是什么；另外，有的“路标”还可以告诉你附近有没有什么“著名景点”，有没有重要的功能基因。利用这样一套分子标记系统，去在基因组上选择育种家所期望的基因型，进而选择目的性状，比如说有没有香味、是否抗稻瘟病，这样的一种分子育种系统就可以理解为分子标记辅助选择。

基因编辑这个事有点像做手术，最初阶段就是发现哪个地方发生了病变，就精准的切点东西出来，让它变成育种家期望的性状。后来这个技术发展的越来越高级了，这个手术变得更厉害了，还可以帮身体机器换个零部件什么的，甚至还可以加点东西进去，这是后话了。

来自百度百科的定义：基因片段的来源可以是提取特定生物体基因组中所需要的目的基因，也可以是人工合成指定序列的DNA片段。DNA片段被转入特定生物中，与其本身的基因组进行重组，再从重组体中进行数代的人工选育，从而获得具有稳定表现特定的遗传性状的个体。该技术可以使重组生物增加人们所期望的新性状，培育出新品种。

• 完全不涉及转基因

• 育种方式和传统育种相同，只是增加了“分子标记”作为工具，能够更快速、有针对性的对目标性状进行选择，特别是对于米质、抗性等需要一定条件才能考察到相应性状的目标性状选择，更加方便。

• 技术利用的门槛相对较低，只需要对基因进行相对精细的定位，就可以应用，不需要明确基因的每一个碱基序列，也不需要进行基因克隆。

• 过程涉及到转基因的操作，但改良单株可以不含转基因。

• 精准的定点修饰。

• 对已克隆基因进行操作，需要明确基因序列。

• 可以创制原始突变体。

• 转基因本尊是也。

• 插入序列随机整合至基因组中。

• 目标基因必须清楚的知道每一个碱基序列，基因克隆是基础。

• 可以创制原始突变体。

可用于未克隆基因；可以帮助传统育种，高效的实现多基因的聚合；对于数量基因性状的选育，也是一个不错的辅助工具。

比如，抗稻瘟病、白叶枯等性状的聚合。

最适合用于由于蛋白质功能缺失，产生有利性状的目标性状改良。

比如，水稻香味性状的改良。

适合需要利用外源基因才能行使功能的目标性状改良。

比如，抗虫、抗草甘膦除草剂等性状的改良。

这个问题之前，先了解两个概念：外源基因和转基因操作。